永历帝与当时统兵的实权人物晋王李定国起初是打算北入四川的，且已开始做一些粮草，皇帝移驾的准备，但此时偏偏李定国身边的一个长期亲信幕僚金维新因与一四川守将此前为争夺一女子结了梁子，担心到了蜀地自己会遭到报复，而永历帝身边的信臣马吉翔等又对前途失去信心，盘算着若向西逃入他国则清兵不会穷追，复国不了，也可以保自己周全。两人一拍即合，找李定国好说歹说，定国居然改变了初衷，同意西走。明朝复兴本已万分艰难，这个决定也把最后的发展星火掐灭了。
西走也就西走了，但这次战略撤退显然缺乏组织，撤离昆明时，李定国等考虑清军远道而来，且西南路难，运送粮草极为不便，考虑将大量带不走的昆明等地存粮尽数烧毁，但朱由榔居然说什么”恐清师至此无粮，徒苦我百姓!”，下令不准烧粮。他的妇人之仁，结果就是清军缴获粮食后变本加厉的荼毒当地百姓，并且一路对明军穷追猛打。
此外， 因为此前的决定，有些部队已向四川进军，这时改变计划， 由于清军步步进逼， 很多部队进退两难，李定国指挥的十数万明军，有的入了四川，而大部分则散落于滇北，滇西北，滇西，甚至滇南元江等地区，被清军隔开了!在后面的一年多时间里(当然，都是在永历帝入缅后) 十数万明军不能集中力量，有的被清军各个击破，大多数则在失去与总指挥李定国联系，不知道皇帝生死与否的绝望中向清军投降。呜呼哀哉!
清末在昆明五华山上出土了永历皇帝的玉玺”敕命之宝”，这颗玉玺已被砸成两半，也没人收拾带走或再加销毁，当时的混乱可见一斑。 (据说这玉玺现存于云南省博物馆内，有机会的话要去看一看。)清军在明军撤离15天后才进占空城昆明，而此时永历帝已逃至永昌府(今保山)，离缅甸已不远了。
二﹑永历帝流亡缅甸
李定国听信金维新，马吉翔等人的谗言，决定西走，本是在清军来势凶猛时的权宜之计，同意西走并不意味着同意流亡。他的本意是经过西走，使军队休整后再图反攻。可永历帝又是出了名的逃跑皇帝，自他在桂林即位以来，闻风丧胆﹑自乱阵脚已是司空见惯，再加上马吉翔等人在身旁鼓噪，到了边界之时，哪里还刹得住车?迫不及待的让黔国公沐天波派人与缅方接洽入缅， 由于历史原因，沐家世代镇守云南，为缅甸当局所熟知， 守关缅兵纷纷下马以礼相待，但看到随永历入缅的队伍实在庞大时，提出必须解除武装后才可以入关，永历此时已是慌不择路，哪里还考虑许多，马上同意了，”一时卫士，中官尽解刀弓盔甲，器械山积关前，皆赤手随驾去。” 李定国派去护卫皇帝的平阳候靳统武等见永历”圣意已决”，不敢阻挡，又不愿自动解除武装流亡异邦，只得奔回向定国报告。定国”虑缅情叵测”，赶紧派人前去想把永历接回来，但一出关即被缅方杀害。1659年初，永历入缅。